医学技术系成立于2020年1月，由原来的影像系和医电系整合而成，开设医学影像技术、放射治疗技术、智能医疗装备技术三个五年制高职专业和 “3+4” 医疗设备安装与维护专业。现有学生总数848人。

医学技术系现有专任教师35人，专业教师29人，高级职称19人，占专任教师数54.3%，硕士以上学历24人，占专任教师数68.6%，双师型教师25人，占专业教师数86.2%。医学影像技术专业教学团队获评南京市职业教育优秀教学团队和江苏联合职业技术学院优秀教学团队；影像教研组被评为南京市优秀教研组；系部成员领衔南京市名师工作室1项，市（联院 ）学科带头人、德育工作带头人4人。依托“医院课堂”，通过双职环境的培养训练，磨砺校内教师的临床实践技能，提高行业师资的教育教学能力，促进“医德、师德”双高教学团队良好的交融，切实有效地提高人才培养质量。

2016年以来，系部承办了全国第二届高职高专医学影像实践技能大赛，并多次承办省市级影像技术、临床工程学术会议。参加全国高职高专影像教师教学基本功竞赛获一等奖1项，国家级信息化教学设计大赛二等奖1项；省级以上技能大赛、创业大赛优秀指导教师9名。学生参加国家级技能大赛获一等奖5项，二等奖2项，三等奖5项；参加江苏省职业院校创业能力比赛获一等奖1项，二等奖2项。获江苏省教育科学优秀成果奖二等奖1项、江苏省职业教育教学成果奖二等奖1项、南京市职业教育教学成果奖一等奖1项。